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【デジタル版限定！「少年ジャンプ+」掲載時のカラーページを完全収録!!】新宿で体に穴が空いた後に宙に浮くという奇怪な現象が起こり、一人の男が死んだ。八年後、その男の息子である荒川ヨドミは元の日常を送れるようになっていたある日、父親宛に送られてきた箱を見つける。中身を確認すると突然意識を失い、目が覚めたヨドミはなぜか「透明人間（スケルトン）」となる能力を得ると共に、言葉を話す頭蓋骨と出会う。自らを山本と名乗る頭蓋骨が発した言葉、「私が君の父親を死に追いやった」――少年の止まっていた時間が動き出す。

人の願いを叶える代わりに、捧げものをもらっていた神・オドミツハノカミ様。捧げものは増えていく一方で、それに合わせて家を広げていたら…!?

「医学部の指定校推薦を辞退してほしいの」そう僕に告げてきた少女は、4枚の薄羽を持つ妖精の様に小さな同級生だった。その時は、軽くあしらい、拒否をした僕だったが、放課後、羽を傷つき、飛べなくなった彼女を見つけ‥‥

世界中に鎮座する無数のロボットたち。その内の一体の前で親友は殺された。