アメリカの宇宙船・アポロが月面で地球上にはない石を採取し、地球に向けて飛び立った。しかし、アポロは地球に帰還する前に爆発してしまう。その直後に太平洋上へと落下したのは、アポロではなく怪獣だった!そして、怪獣はアメリカへと向かい、何かを探すかのように街を破壊し始める。一方、ネビュラ遊星の情報で、その怪獣が宇宙怪獣・ムーンサンダーだと知ったスペクトルマン。だが、かの怪獣はスペクトルマンの力を以ってしても、倒すのは不可能かもしれない強さを持つという。そして、スペクトルマンは怪獣を道連れに火山の火口へと…!?