陸上競技の天才、ユウの前に突然あらわれた女、パエッタが彼に出生の秘密を告げる。自分がBC21世紀の大王ギルガメシュの精子から生まれたと知ったユウは真相を確かめようとするが・・・
なんとか大学へと戻って来たユウだったが、アガルタへ行こうとする殺し屋のゴームとシーキャットによって、警察に指名手配されてしまう。ユウたちはアガルタへ行けるのか!?
大王ギルガメシュの遺伝子を受け継いだもう一人の男、ミカエルはトルコの悪の帝王となっていた。アガルタの地底王国へと向かうミカエルを、ユウたちは止めることができるのか!?
アガルタへの入口の手がかりをつかんだミカエルとユウたちは、カッパドキアの洞窟群へと向かった。ギルガメシュから正義を受け継いだ弟と、悪を受け継いだ兄の最後の戦いがはじまる!