両親を亡くした諸生飛初(もろうひうい)は、祖父・真造(しんぞう)博士とその助手と共に暮らしていた。他に馬のテンザン、猫のリンク、アルマジロのアルマダ、コウモリのミラージュも家族の一員だった。ある日の夜、オリジナルFと名乗る男に率いられた怪物達に襲われてしまった！　Fは、自分達は飛初の父に創られた“進化戦士(プログレッシブウォーリア)”であり、その存続のために真造博士を誘拐した!!　進化戦士と戦う中で、飛初は大ケガを負う。このままでは命が危ない。意を決したリンクが飛初と生体融結した！　なんと、動物達は飛初と融結するために博士が創りあげた戦闘生物バイオガーダーだったのだ!!　飛初と人間の姿になったバイオガーダー達による博士奪還の戦いが始まった……!!

大勢力を誇っていた地球が、銀河連邦との戦争に敗れて15年―――。故郷を失った地球人たちは気力を無くし、生きる屍と化していた……。しかし、そんな中にも地球人の血脈は生き続けていた。新陰流・ゼロ―――サイコソードを操り、武者修行の旅をする若者である。エラスマ流ライバーとの戦いに勝ったゼロは治安維持軍（ガーディアン・シビル）を敵に回すことになり、懸賞金をかけられ追われる身となってしまう。戦いの最中出会った同じ地球人でサイコソードを操るツユハと共に治安維持軍に立ち向かうが……!?