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第３新東京市で父ゲンドウ・母ユイと一緒に暮らすシンジ。幼なじみのアスカと一緒に登校してはトウジ、ケンスケにからかわれる日々を送るシンジは、ある日帰宅すると、不思議な雰囲気を持つ少女レイと出会う――。
ゲンドウ・ユイたちが進めている研究を邪魔すべく、渚カヲルが派遣される。シンジに付きまとい、親密になっていく二人の関係を危険視したアスカ・レイは、シンジを取り戻すべく協力し、ある作戦を実行するのだった!!
いつものように訓練をしているシンジ達だが、突然警告音が鳴り響く。実験施設で事故が起きた隙にレイがさらわれてしまったのだった！しかし、この事態を予測していたゲンドウはすでに手を回していたのだった!!
シンジとレイが日増しに親密になっていくことに気がついたアスカ。このままでは幼なじみとしてメンツがたたないと感じたアスカはシンジの世話をあれこれしていくのだが!?
学校生活を満喫していたシンジだがミサトから新しい訓練「レイのサポート役としてシンクロテスト」を言い渡される。さっそく訓練に挑む二人だが突然暗闇につつまれ謎の都市に取り残されてしまうのだった!?
シンジ・レイ・アスカの三角関係に新たな転校生「霧島マナ」が現れるからさあ大変!?積極的にシンジにアプローチするマナに対してレイとアスカも独自の作戦を展開するのだが!?
シンジたちが苦労してこなしてきた訓練成果が実を結び、ついに人工進化研究所の実験が本格始動する。ユイが発案し、新たな訓練プログラムが組まれさらなる成果を期待されるシンジ達だが…!?
再び「ゼーレ」が動き、人工進化研究所にコンピュータウィルスをしかけてくる。この事態に碇ユイが対処するが窮地に陥ってしまう。一方、ゲンドウは独自に動き「赤木ナオコ」に接触をはかるのだが!?
人工進化研究所に新加入した「赤木ナオコ」。早速「MAGIシステム」の導入を始めるも研究所のコンピュータに問題があることが判明する。それを打開するため赤木ナオコはシンジ達に新たな訓練を指示するのだった！
いよいよ文化祭！シンジ達のクラスは、トウジ・ケンスケの策略によりコスプレ喫茶に決定！しかもシンジは、マナとアスカの提案により、シンジ・レイ・アスカ・マナの４人でバンドを組んで演奏する事になるのだった！
新たな訓練を実践することになったシンジ・レイ・アスカだが、訓練中にプログラムに異常が起き仮想空間に取り残されてしまう。この事態を打破すべくシンジ達は３人で協力できるユニゾン訓練を開始するのだった!!
再びゼーレの攻撃が始まり、仮想空間に出撃したシンジ達。しかし、敵の強力な反撃を受け撤退を余儀なくされる。そこでゲンドウは単身敵に挑みシンジ達の出撃の時間を稼ぐ。新たな武器を携えシンジ達は再び出撃する！
度重なる侵攻の失敗でついにゼーレは本格的な攻撃を始める。これに対抗するためゲンドウは人工進化研究所を要塞化する。そして赤木博士を中心にユイ・キョウコで仮想空間でのシンジ達の強化を図るのだった！
キョウコの友人のはからいで、喫茶店で一日手伝うことになったシンジ・アスカ・キョウコの３人。もちろんキョウコは役にたたず、シンジとアスカで注文を処理するもののトラブル続きでもう大変!?
ミサトの頼みで廊下掃除をすることになったシンジ。偶然居合わせたレイに手伝ってもらえることになり、レイが水汲みに行くのだが!?シンジとレイの距離が少しだけ縮む「学園エヴァ」15巻!!
沈黙を破りゼーレが再びＭＡＧＩシステムへハッキングを仕掛ける。研究所では現場指揮を任されたユイがシンジ達に迎撃に向かわせる。しかし敵の攻撃を受けたシンジがその場から消えてしまい窮地に陥るのだが！？
学芸会の出し物で「ロミオとジュリエット」をやることになったシンジたち。ジュリエット役はレイに、そしてロミオ役はアスカに決定！初めは男役に難色を示したもののシンジが脚本を書くということでしぶしぶ承諾する。しかし、脚本の内容にミサトの提案を入れることになりレイとアスカのキスシーンが入ってしまうのだった！？
ゼーレは総力を上げ、実験中のレイに攻撃を仕掛ける。シンジ達の活躍でレイを救出するも、レイは記憶を失ってしまう。レイの記憶を取り戻すためシンジはレイに今までの思い出、そして自分の気持ちを伝えるのだった。
