ハヤタの在籍する国立養護施設「B･B・ハウス」では、国家プロジェクト“ブルー・バード政策”のもと、B･B基金により、身寄りのない孤児を収容し、保護・育成していた。そして、B･B政策には、隠された別のプロジェクトがあった。警察が孤児の中から有能な人材を育てて作った特殊部隊、もうひとつの「B･B」――ブラック・バードがそれである。ある日、施設の子供ジンが行方不明になり、その現場には「MAD2」と呼ばれる非合法ドラッグが残されていた……。ジンを救い出すために、ハヤタはブラック･バードのメンバーとともに動き出す――！