私立聖濤学園――敬虔な信徒の集うお嬢様学校――。聖濤学園に編入してきた神無月昴は転校初日に聖徒会を敵に回してしまう。昴は聖徒会の陽閃院焔により異端審問にかけられる。焔は昴に退学を勧告するが、昴は折れない。業を煮やした焔は、《神の奇跡》と呼ばれる特殊な力を使って昴に戦いを挑んできた――。乙女の祈りが奇跡を生む！！新時代の美少女学園戦記、ここに始動!!