第501統合戦闘航空団「ストライクウィッチーズ」達の活躍のおかげで、欧州ガリア共和国は解放されたが世界からネウロイの脅威はまだ去ってはいなかった。今度の戦いの舞台はオラーシャ帝国ペテルブルグ基地。第502統合戦闘航空団「ブレイブウィッチーズ」の魔法少女（ウィッチ）が東欧の寒空を駆け巡る！

１９４０年、エーリカ・ハルトマンは謎の怪異・ネウロイによって祖国を追われた。ネウロイ反攻作戦のために統合戦闘航空団に誘われたハルトマンだったが、彼女の反応は未だどっちつかずのものであった。これはそんな彼女が決意に至る物語である。

今度は劇場版を舞台に奴らがカムバック！！　新たに服部静夏も登場し、芳佳は名門医学校入学の為欧州へ向かうのだが…。当然、501部隊の面々もさらに大暴れ！！　むしろネウロイ、アイツらを止めてくれっ！！？

異形の敵「ネウロイ」と人類の存続を賭け、戦う少女達。「ウィッチ」と呼ばれる彼女達は、自らの体に「ストライカーユニット」と飛ばれる魔法の箒を身に付け、戦場を駆け回る――。ファン待望の本編コミカライズ開幕

「501」の使い魔たちが小さくなっちゃった！　そんな「501」メンバーのかわいくてさわがしい日々の記録！　そして宮藤芳佳は魔法力の回復を試みるため、服部静夏、ウルスラ・ハルトマン（？）とともに欧州へ向かう！

解散した第501統合戦闘航空団。しかし、彼女たちの戦いが終わったわけではない。離れて暮らすウィッチたちの日常、戦い、想い。離れていても、心はこの空のようにつながっている！

魔女たちの知られざるもうひとつの戦いがココに!!

雪と湖に囲まれたスオムスで、怪異と戦い続ける若き魔女たち。チームのエースは、「回避のエイラ」と名高き、エイラ・イルマタル・ユーティライネン！