20××年、日本は人を喰らう「魔羅」が大量に出没する＜魔六殺＞を迎えていた。唯一の希望はたった一つの予言。人類を救う「魔陀羅」が生まれること。そんな中「蛇内　留」は、魔羅を祓う『祓屋』に憧れ、祓屋の学校に入る。しかし切磋琢磨修行するもののその才能は一切開花せず、皆からは無能のゴミ扱いされていた。そして何も得られないまま、蛇内は卒業試験を受けることになる。試験内容は2人1組で6体の魔羅を倒すこと、そしてその相手は虐めの主犯であり、未来の「魔陀羅」と呼ばれている「神明　強」であった―――。