『聖域』での戦いから一年、平穏な日々を送るナツキ・スバルだったが、王選候補者の一人、アナスタシアの招待により、一行は水門都市プリステラへと出発した。水の都で懐かしい面々と旧交を温めるスバル達。しかし、その裏では悪意が蠢いていて――。
水都の刻限塔に現れた魔女教大罪司教、“憤怒”担当シリウス・ロマネコンティ。その悪意により、かつてなく猶予のない“死に戻り”を経験したスバルだったが、絶望の淵でそれでも希望を求め立ち向かう…!