2030年、宇宙の密約は解け、各惑星から来訪者たちが地球に出現した。地球連合は急激な異世界文明との接触を避けるため、交易の地域を限定し、日本国沖縄の南方、台湾との境に「出島」と呼ばれる巨大な人口島を建設した。異星人たちは出島以外の寄港を禁止されていたが、異なる文明と価値観の混在する出島では、様々な犯罪が頻発するようになった。出島の治安を守るため、地球連合の出島警察、宇宙連盟の連盟警察、そして異星人と地球人の混成部隊が設立された。それが「ガンドラゴン」である。ガンドラゴンの捜査員Σ（シグマ）は、密入国者を載せて暴走するトラックを引き留めた。荷台には水の惑星から来たミュメール人が、そして彼はなんらかの秘密を守るために自害してしまう。仲間を捜して酒場に潜入したシグマは、そこで一体のミュメール人と、宇宙連合禁制の小型ブラックホールを発見する。