２１世紀の地球を精神管理支配するコンピュータ「ズイガム・ボルド」から独立しようとする人類「ニュータイプ」。しかしその動きを察知して攻撃を仕掛けてきた「ズイガム・ボルド」。サカザキ博士をはじめ二人の少年レイ・ユウと少女・和紀は高機動戦隊メカ「ヴォルガ―ドII」に騎乗して迎撃する。巨大戦艦に劣勢必至であったが、ユウの友人ノブの機転で「ズイガム・ボルド」に内部潜入。後半は「ズイガム・ボルド」の再生を目論む、サカザキ博士の昔の共同研究者であるノーマッド。和紀を誘拐洗脳して、サカザキ博士たちが反撃できないようにする。さらに基地に時限爆弾を仕掛ける。応援に現れた天才少年工学博士の諏訪野圭の機知と、少年少女３名の勇気ある行動で地球を救えるか。