来たるべき決戦に備え、自らを封印した魔王レオニスは、目覚めるとなぜか少年の姿になっていた! 魔術の失われた未来世界で、最強魔王と美少女たちの織りなす聖剣と魔剣の学園ソード・ファンタジーが幕を開ける!!
歓迎会の翌日、リーセリアとともに孤児院へと訪れるレオニスであったが、突如、が発生し…! 果たしてレオニスたちは第〇七戦術都市を守り抜くことが出来るのか!?
<大賢者>アラキ―ルの襲撃から<第〇七戦術都市>を守り抜いたレオニス。そんな矢先、帝国の王女が来訪するとの情報を手に入れ接近を試みる…が、その裏では「魔剣使い」たちの恐るべき計画が動き始めていた!
王女主催の夜会へ参加する第十八小隊の面々。しかし、魔剣使いたちの陰謀により船上は混乱の渦へと巻きこまれる!! 果たしてレオニスたちは破滅へと突き進む艦を止め、無事王女を奪還することが出来るのか!?
突如、六年前に滅んだはずのリーセリアの故郷<第〇三戦術都市>から届く救難信号。その真相を突き止めるべく、レオニスたちはヴォイドの巣食う廃都へと向かう!! 果たしてそこで彼らを待ち受けるものとは!?
廃都での任務を終えた第十八小隊は、<第〇六戦術都市>との間で催される「聖灯祭」に向け、寮の出し物として、ホーンテッドカフェの準備を開始する! 一方、裏ではネファケスの魔の手がリーセリアに忍び寄り…!
千年前の戦友・竜王ヴェイラと予期せぬ再会を果たしたレオニス。虚無に蝕まれた友を救うため、そして千年前の決着をつけるため、勇猛果断に立ち向かう!! 果たして2人の激闘の行方は如何に…!?
ヴェイラへの都市案内の最中、かつて決闘で下し、聖剣を失ったはずの学院生・ミュゼルの襲撃を受けるレオニスたち。一方で、学院の裏で動く、聖剣を進化させる計画“魔剣計画”の存在を知ったエルフィーネは…!
<死都>での任務から帰還し、日常へと戻るレオニスたち。そんな中、咲耶の前に、<桜蘭>出身の武闘集団“剣鬼衆”が現れる。ヴォイドへの怨讐に取り憑かれた彼らの口から語られた衝撃の計画とは…!