ダビンチ博士をすくうため、Xベンチャー調査隊のジェイクチームとレインチームがタッグを組むことになった。大昔にタイムワープしたものの、そこには知能が高い恐竜たちがはびこる超危険な世界だった――!? “もしも”の世界でくり広げられる『どっちが強い!?』のもうひとつの物語が開幕!
ダビンチ博士を現代に戻すのに必要な装置を手に入れるため、第四紀に向かったレインたち。しかし装置は謎の猿人によってぬすまれ、さらにはレインたちも猿人につかまってしまう…! 超進化した生物とのドリームマッチをえがく、もうひとつの『どっちが強い!?』の物語!
博士救出のため、ペルム紀にタイムワープするレインチーム。そこは巨大昆虫の棲む危険な世界だった。一方のジェイクチームは、ジェラルド博士やXガードたちが企む計画を暴こうとするが……。超進化した生物とのドリームマッチをえがく、もうひとつの『どっちが強い!?』の物語。ストーリーが急展開を見せる第3巻!
博士を探す任務から外されて落胆するレインたち。そんな時、ストーンの父親が修理していた古いタイムマシンがあることが判明。博士がいる白亜紀にタイムワープするが、そこで透明な恐竜に襲われ……。
ジェラルド博士の陰謀を暴こうとするジェイクたち。そんな時、動物が次々と逃げ出しているとニュースが流れ、その中に行方不明だったターゼンの姿を見つける。一方、レインたちは超巨大恐竜に襲われ大ピンチに!
石炭紀にやって来たレインたちは、謎の植物に操れられた巨大な動物に襲われながらも、ダビンチ博士の場所までたどりつく。一方、研究所ではジェラルド博士が透明恐竜のDNAを使い動物実験を始めていた。
ジェイクの父親ディグスは、インフィンテック社の目的が地球外物質パワーストーンだと突き止める。いっぽう過去の世界でジェラルド博士らの前にダビンチ博士が現れ、彼らの野望を阻止しようとするが……。
ジュラ紀にいるレインたちは、遺伝子を操作された恐竜たちを発見する。その後、レインたちはタイムワープで20年前の世界へと飛ばされ、メンバーの父親と思われる人物と出会うが……。
Xガードの支配下となった研究所で、レインやジェイクたちは突然変異によって怪物になってしまったXガードに襲われる。激しい戦いの中、ジェラルド博士の計画で究極のミュータント恐竜が産まれて……。
過去と現在とつなぐタイムトンネルがおかしくなり、古代の恐竜や巨大生物が突然姿を現した。町を救うため恐竜と戦うXベンチャーのメンバー。さらにXベンチャー内にいるスパイの正体が明らかに!
町で暴れる恐竜たちと、それを操る恐竜キッドを倒すべく、力を合わせるXベンチャーのメンバーたち。恐竜キッドの力の前になすすべもないジェイクたちの前にターゼンが現代の動物を引きつれて現れた!
恐竜キッドとXベンチャーの戦いが続く中、恐竜キッドの弱点を負傷させることに成功。レインはタイムトンネルを塞ぐために、ブラックホール爆弾を時空の穴に投げ込むが、果たして人類の運命は!?