新西暦と呼ばれる時代。人類の本格的な宇宙進出から２世紀近くが過ぎていたが、人々の生活そのものは２１世紀初頭とさほど変わっていなかった。それは、２つの隕石の落下による被害と混乱のため、人類の進歩が一時的に停止したからだった。そして、新西暦１７９年。３つめの隕石“メテオ３”が、南太平洋マーケサズ諸島沖に落下。地球連邦政府による調査の結果、その隕石は人工物であり、人類にとって未知の物質と技術の情報が封印されていた。それらは“ＥＯＴ”と称され、“ＥＯＴ特別審査会”と“ＥＯＴＩ機関”による厳重な情報管理の下調査が進められた。そしてＥＯＴＩ機関の代表者、ビアン・ゾルダーク博士は、研究結果から地球外生命体による侵略の危機を示唆。それを受けて、人型機動兵器、通称“パーソナルトルーパー”の開発が開始された……。