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増え続けるエスパーが軍事・外交・経済などの国際競走のカギを握るようになった21世紀。日本国内では３人しか確認されていない最強超度（能力レベル）のエスパーである薫、葵、志穂の３人は、特務エスパー「ザ・チルドレン」として難事件の解決に日夜奔走中である。しかし、凄まじい能力を持っているとはいえ、彼女たちは弱冠10歳の女の子。チルドレンの現場主任である20歳の科学者・皆本は、オマセで生意気な３人に振り回されっ放しの毎日で…。