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暗夜魔将率いる魔物の軍勢に滅ぼされた三毛家。二人の子供がいたが、逃がされて生き延びた猫丸。復讐のために、龍神金剛山に預けられた秘剣・竜神剣を取り戻す。そこで出会った那羅幻角に、猫目山に修行に向かうよう命じられる。道中、三毛家が祀っていた猫神に命じられて、忍者・猫股半兵衛が猫丸の護衛と指導につく。剣術大会で腕を磨いた猫丸は、騙された猫婆に恩をかけたことで百人帯という秘密兵器を手に入れる。暗夜魔将を倒すためには、人心を読み、未来を予知できる猫姫の力が必要だとわかった猫丸。暗夜魔将の手下・羅沙王が治める難攻不落の魔天城に救出に向かう。

イリオモテヤマネコのフブキと日本猫の間に生まれたヤマブキ。両親を古代犬に襲われて失うことになる。コウ少年に飼われることになって守られるが、古代犬たちはヤマブキをつけ狙う。コウが東京に引っ越してからも、追いかけてくる。ヤマブキはまだ子猫だが、イリオモテヤマネコの野生の闘争本能に長けている。そのおかげで東京でもなわばりを侵してしまった猫や犬のボスたちを打ち負かして従えてしまう。しかも義侠心の強いヤマブキに、みんな惹かれてゆく。そして遂に古代犬の集団とヤマブキたち連合軍の戦いが幕を切って下す。