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ある女性の変死体をきっかけに政府の捜査機関は危機感を募らせていた。その女性の遺体にはジャイアントアニマルの種を食べた後に起こる体の異変がみられた。種の流出拡大を食い止めるためマニー・タイタンの追跡を開始したシマニックはフクロウの巣という組織の存在を知る。捜査機関はこの組織の中心人物となるハリス・ハレの企てを暴くため大規模な捜査に乗り出した。一方ジャングルでの事故後、消息を絶っていたマニーから突如エミリーのもとへメッセージが届けられる。エミリー達は彼に協力するため危険を冒し、次第にハリス達の描く新世界への計画に巻き込まれていく。