宿敵、ドクターヘルとの最後の戦いにそなえて、甲児たちはマジンガー軍団を結成した。日本を占領しようとする、あしゅら男爵のあしゅら軍団とブロッケン伯爵の鉄十字軍団を向かい討て!
アメリカへと渡った甲児とさやかに変わって、地球を守る使命を負った剣鉄也と炎ジュン。グレートマジンガーを操って、次々と襲い来る、暗黒大将軍率いる、ミケーネの軍団から地球を守れ!