西暦2014年――マリア会の支配する日本で、成長した昇平とマリアが遺した「マリア」の新たな戦いが始まる!! 狂気の世界で二人を待ち受けるのは愛か? 裏切りか? それとも…!? 現代編より10年後の世界を描く衝撃の近未来編、ここに開幕!!
小谷と阿南将軍の策略に翻弄され、20天使を暗殺していくマリアと昇平。その動きを察知した彼らは、原理派の教義を捨てマリア抹殺を決意!! 孤立無援となった二人に未来は!?
本田マリアを神の座から降ろすために始まった、阿南将軍による原理派兵士達の改宗――。その恐るべき方法と真の目的とは!? そして、マリア達の逃亡を陰ながら手助けする人造人間・影山の驚愕の正体とは!? 全ての謎が明らかに――!!
阿南将軍によって捏造された、“大和のマリア”による“神”の出産――。悪魔の烙印を押されたマリアに、マリア会のハイテク歩兵部隊が迫る!! 果たしてマリアの運命は!? 決死の全面戦争、開始――!!
教祖“あーちゃん”復活! 国家支配と不老不死。阿南将軍の野望の前に完全降伏のマリア。監禁されたマリアを助けるため初代マリア会教祖・十文字篤彦が蘇る――! …そして篤彦の真の目的が導き出す驚愕の結末とは!? 【近未来編】衝撃のフィナーレ!!