安倍晴明の末裔・剣持司。両親を殺された後、彼が扇家に引き取られ、翔子と舞子に出会い、陰陽師として成長してゆく過程とは!?
奈良の宗教団体・玄妙教で起こった怪死事件を通して、陰陽師としての修行を積む剣持は自らの呪い返しで人が死ぬことを受け入れられずにいた。修羅の道を歩む少年の孤独な心は救われるのか…!?
古都・奈良を水没させる呪いが発動。敵を倒さねば「多くの人が死ぬ」「大切な人が死ぬ」。決断を迫られた少年・剣持司は式を打てるのか…!?「少年陰陽師」シリーズ完結巻!!