大ヒット劇場版のアニメコミックス！　北海道・函館の斧江財閥に怪盗キッドからの予告状が届いた。今回キッドが狙うのは、幕末を生きた新選組副長・土方歳三にまつわる日本刀だという。ビッグジュエルを追い求めるキッドが、なぜ、日本刀を狙うのか――？　一方、西の名探偵・服部平次とコナンたちも、函館で開かれる剣道大会のために現地を訪れており、犯行予告当日、平次がキッドの変装を見破り追い詰めるが…？　時を同じくして、胸に十文字の切り傷がつけられた遺体が函館倉庫街で見つかる。無関係と思われた２つの事件が交錯していく――――!!