小学３年生の抜け忍ハヤテは、追手から逃れるため、転校を繰り返している。追手につかまると、待っているのは死あるのみ。一方、追手も小学３年で、任務失敗の代償は、これまた死あるのみ。教育委員会からの抗議を受けつつも、掟を重視し、処刑を決行する忍びの里小学校担任教師の苦悩は如何ばかりか。幾多の困難を乗り越え、ハヤテはフツーの小学生を目指す！