行方不明になったアーロの偵察命令を受け双晶の森に向かったハルト一行。龍の襲撃を受け途中ではぐれたザックや魔力を封じられていたアーロとは無事に合流。新しい仲間ユウキとも出会うが、龍を狙う謎の組織コルヴォと戦闘になる。激戦の末彼らの動きを阻止することには成功するものの、親龍は子龍に人間化の封印をかけて息絶えてしまう。一方、その戦闘で闇属性の魔法攻撃を受けたリョータはログアウトした以来ゲームに戻ってこず現実世界でもbotのままになっていた。クライシスフロンティアの謎が深まる中、それぞれの目的を抱いて世界が再び動き始める。
