主人公の如月 蕗（きさらぎ　ふき）は民族学を学ぶ大学生。中学生の頃、肝試しをしていて神隠しに遭った事があり、神隠しの謎について調べて研究している。蕗は、神隠しに遭ったときに出会った謎の青年、稔（とし）に恋をしてしまい、その事が忘れられず、研究の道に進んだ。そんな蕗に片想いをする幼なじみの夕馬（ゆうま）は、中学の頃、勘違いから蕗を振ってしまったため、自分からは気持ちを伝えられずにいる。ある日、蕗はレポート作成のため、過去に神隠しに遭った神社を訪ねると、また再び異界へと入り込んでしまう。異界で蕗は稔と再会、恋い焦がれる気持ちに火が着いてしまう……。けれども稔は、蕗の気持ちを受け入れようとはしない。しかし、双子の神様が二人の仲を取り持とうとしてくれる。神様たちのはからいで迎えた二人だけの夜は、果たして……。古くから伝わる伝説の世界に迷い込んだヒロインと、異界の青年、そして幼なじみが織りなす秘密の愛のストーリー。