舞台は英国。吸血鬼による暴虐な事件が横行していた。そこで結成されたのが、反キリストのバケモノを狩る機関王立国教騎士団通称「HELLSING機関」。その一員である主人公アーカードは吸血鬼討伐のエキスパート。彼自身も吸血鬼であり、銃で撃たれようと、首をもがれようとその肉体は不死身。事件に巻き込まれ吸血鬼の体となってしまったセラス・ヴィクトリアも機関に加わり、団長インテグラルの指揮のもと、今日も吸血鬼事件の鎮圧に向かう。