流星十八年、将軍・ウルトラの父が天下を治める平和な鶴亀の国に、突如、平和を乱す悪の軍団が現れた。彼等は様々な事件を起こし、将軍の命までも狙っているらしい。そんな話を耳にしたウルトラの里のウルトラ忍軍頭領・ゾフィーは、ウルトラマンを呼び出し、都に行き将軍を守ることを命じる！　そして将軍を守ることになったウルトラマンの前に、早くも敵の怪獣忍軍朧党のひとり、血風流が現れ…!?　超爆笑ギャグバトルの開幕だー!!

江戸の世、天下人・徳川家康は甲賀（こうが）と伊賀（いが）という忍法の二大宗家を相争わせ、十人対十人の忍法殺戮（さつりく）合戦の結果どちらが生き残るかによって、三代将軍の世継ぎ問題を解決させることにした。だが憎み合う両家にあってそれぞれの跡取り、甲賀弦之介（げんのすけ）と伊賀の朧（おぼろ）は深く愛し合っていた――。時代に翻弄（ほんろう）される忍術使いたちのあまりにも過酷な運命の幕が上がる!!