小さな神社の敷地内にある孤児院。運営主である神主のじいさんに代わり子どもたちの面倒を見ているのが、最年長の少年・天野剣。ある日彼の前に、神の眷属の式神を名乗るの少女・ほむらが現れる。彼女が言うには現在、天界で一番の神を決めるために争いが起こっているのだという。彼女の仕える神のために戦って欲しい、と頼まれるが…。
時は明治。外国から入ってきた蒸気の影響で古来よりいた実体を持たなかった妖は、鋼の殻を手に入れ、夜な夜な人々を襲うようになった。そんな鋼を纏った妖を鎮め断つ特殊部隊、そこに所属する新米隊員・紫桜初音と、無鉄砲な彼女を諌める上官・蒼葉雅人。ある日、強力な鋼の妖が姿を見せたという情報が入る。警戒する中、初音の前にその鋼が現れ果敢に挑むが…。
