貧乏ふたり暮らしの兄妹、冬佳と春香が住むボロ家の地下に突然ダンジョンへの入り口が現れた。モンスターがドロップするというお宝や肉を目当てに、自分たちだけで毎日探検していたらいつの間にか日本最強のダンジョン探索者になっていて…!? ダンジョンのある生活、開幕！
超能力者でも無能力者でも誰もが対等に対戦できると、学園都市で爆発的な人気の次世代競技「電脳戦機バーチャロン」。上条当麻もインデックスにうながされ、この競技を始める。しかし、当麻がまだ操作もままならない状態での対戦に乱入してきたのは……巷で噂される【亡命】バーチャロイド・ブルーストーカーだった――!?
