僕徒レオ、通称「ボクちゃん」は気弱で一人ぼっちの高校2年生。そんな彼の隣の席に座っていたのは、君乃ミキという居眠りばかりしている女子生徒だった。ある日、クラスメイトの姫川が行方不明に。この事件に興味を持った君乃は僕徒と共に美術室へ向かい事件の真相を目指すというが――!? 二人の不可「解」な学園推理サスペンスの幕が上がる――。
審神者（さにわ）によって顕現された付喪神・刀剣男士達は、時代を遡り歴史の改変を目論む時間遡行軍を倒す為己が刀を振るう。「文久三年のとある城下町に時間遡行軍が襲来」という指令を受けた和泉守兼定と堀川国広は、幕末の世に出陣するが…!?
