主人公のミライは小学生の時にカードゲーム「デュエル・マスターズ」、略して「デュエマ」にハマっていた。時が経ち中学生となり、そんなことはすっかり忘れていたのだがひょんな事件から小学生の時に埋めたタイムカプセルを掘り起こすことに…。中から出てきたのはデュエマのカード。そして時を同じくして現実世界でクリーチャーを目撃することに…。突然、現実世界でデュエルを行う運命になったミライの「なぜこんなことに？」は物語が進むごとに次第に明らかとなる…。