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世界でいちばん珍しいポケモン・ミュウから、人間の手で作られた最強のポケモン・ミュウツー。しかし、人間のために作られ、人間のために生きろと言われたミュウツーは、自分の生まれた意味がわからなくなり、自分を生み出した人間への逆襲を始めた！その頃、ポケモンマスターを目指し、修行の旅を続けるサトシは「ポケモン城」への招待状を受け取る。ポケモン城で待ち受ける、最強のポケモントレーナーとは一体…!?短編「ピカチュウのなつやすみ」も収録。