劇画界の鬼才・バロン吉元が、剣聖・宮本武蔵に想を練ること十年。この歳月を経てここに新たに、痛快で軽妙、重厚で新鮮な“バロン武蔵”がはでやかに誕生！！
父・無ニ斎を斃した新当流の達人・有馬喜兵衛を真剣勝負の末に打ち倒した宮本村の新免弁之助（武蔵）は、やがて、天下分け目の関ヶ原の合戦に西軍で馳せ参じた！！
柳生屋敷で奴僕以下の生活をして入門の許可を待った武蔵だったが、柳生の剣は活人剣である、とその薪水の労は報われず、やがて剣客を求めて九州の地へと旅立った！！
「おまえの剣の師は自然の中にこそある」武蔵と対峙した丸目蔵人の言葉である。やがて武蔵は京へ！！思いは一つ、日本一の兵法者・吉岡憲法との対決であった！！
吉岡憲法は武蔵の渾身の一撃で絶命し、弟伝七郎は激怒のあげく果たし状を叩きつけたが、凄絶な血しぶきの中に斃れた。やがて武蔵は吉岡一門の待つ一乗寺下り松へ！！
一乗寺下り松での吉岡一門との決闘で鉄砲傷を受けた武蔵は、薊とともに宝蔵院に逗留して治療に専念し、体力の回復に努め、やがて宝蔵院槍術を破って江戸へ…！！
一剣をもって徳川家に仕官を――と望む武蔵は江戸の剣壇を二分する柳生新陰流と小野派一刀流の確執を目のあたりにしつつ、やがて柳生と対峙することになる！！
小太刀の敏捷さと変化の多様さを大太刀に生かして飛燕を斬った小次郎は巌流を名乗り、一方、柳生と対峙した武蔵は不惜身命の一匹狼として執拗な攻撃を受け続ける！！
ついに雌雄を決すべき時が来た！！飛燕をも斬り落とす物干竿を持った巌流・佐々木小次郎が待つ宿命の決闘場・船島へ向けて宮本武蔵は静かに舟中の人となった！！
