バーコードの数値によって、マイキャラの性能・能力が決まるため、主人公たちは強力なバーコードを求め、マイキャラのパワーアップする。そして、ゲームドームでの戦いの日々が繰り広げられていた。だが、全国のゲームドームが何者かによって乗っ取られる事件が起こった。バイオバーコードを操るバーコード皇帝の出現だった。バーコード戦士たちは、世界征服の野望を阻止するために力をあわせる。