時は明治・文明開化の時代。華やかな近代化の影で、『悪霊』が世に蔓延していた。中でも、人々の魂を食らう“喰人”は除霊師でも祓うことが叶わず、人々の生活を大きく脅かしていた。そんな時代の中、除霊師・喪々木は虎之助という名の少年と出会う。彼は“人間の心と肉体を持つ喰人”という特殊な存在だった。喪々木は虎之助にある取引を持ち掛け、二人は喰人を倒す旅に出る――