ある日突然、地球上からY染色体を持つすべての哺乳類動物が、地球規模の伝染病により瞬く間に死滅してしまった。 街には死体が溢れ、中枢のほとんどが男で構成されている政府や軍などは壊滅状態、人間社会そのものも崩壊寸前だった。 残されたすべての女性の様々な思惑が錯綜し、世界が混乱するなか、ただひとり残された主人公ヨリック・ブラウン(男性:Y)は、離れ離れになってしまった恋人を探し求めて、ペットの猿アンパサンド(雄:Y)、謎の政府工作員(女性:X)、若き天才遺伝学者(女性:X)と共に旅を始める。 なぜ彼は「地球最後の男(Y:ザ ラスト マン)」となってしまったのか…