戦争や天変地異などで人類は滅亡し、唯一生き残った女性・ガイヤとその子供たち、ウラノスとエロス。荒れ果てた大地を彷徨った親子は、やがてドーム状の施設を目にする。そこには、これまでに見たこともない高度な機械や、既に失われてしまった自然が息づいていた。しかし、安心したのも束の間、突如、一つ目の大男たちが現れて……!? 人類再生の物語を描く新たなギリシャ神話が、今幕を上げる。
武田信玄の居館である甲斐の躑躅ヶ崎館に家臣として潜入した甲賀忍者・丸子笹之助は、同じく潜入していた忍術の師・孫兵衛と共に信玄暗殺の機会をうかがい、息を潜めていた。だが、信玄の次女・久仁との出会いが笹之助の運命を大きく変えてしまうのだった───。信玄のライバル・上杉謙信との戦いの予兆が高まる甲斐・躑躅ヶ崎館で、乱世を懸命に生き抜こうとする若き忍者の物語───!!
