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2040年、時は大海洋開発時代。未知の生物を探し求める者たちを、人々はブルーハンターと呼んだ。「あたし、日下部真夏！海が大好きな高校2年生です！あたしにはどうしても叶えたい夢があって、それは伝説の海洋生物・シーザウルスを見つけること！…　あたし!!ブルーハンターになります!!!!」真夏と仲間達がつむぐ「海洋×青春ファンタジー」が、今はじまる。

燈暦2045年。海岸線が大きく水没した世界。青年「藤倉縁」は行方不明の祖父を探していたところ、海の怪物「水禍」に襲われ、命の危機に直面する。そんな彼を助けたのは、灯台に宿る光の化身「燈の守り人」だった―。水禍と戦う組織「巡礼局」に加入した縁は、上官の中澤閃、そして道家照子と共に、灯台を巡る旅に出る。全ては世界の未来を救うために……。