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江戸に到着した、さるとび佐助と三好清海入道。佐助は旗本の屋敷で酒井権太夫の仲間にひどい目にあっていた魚屋を助ける。それを知った酒井は家来の仇をうとうとしたが、散々な目に遭い、かえって佐助に助けられる。佐助を気に入った酒井は、忍び込めずに困っていた警戒が厳しい江戸城に仲間としてかかえた。江戸城へ入ることに成功した佐助は奥へと忍び込み、大阪夏の陣の準備をする重臣たちの話を聞く…。

主君である真田幸村の命を受け、諸国を巡り、徳川に与する諸大名を探るさるとび佐助と三好清海入道。二人は文福茶釜で有名な上州の館林にある茂林寺へとやって来た。城主は若くて評判が良く、人気もあるが、悪家老が人々を苦しめているという。米の他金や商いの代金は、すべて城から木の葉で支払われる。困窮する人々に佐助は…。

奥州は蔵王山を臨む街道を歩く二人連れ。お馴染みの佐助と清海入道の凸凹コンビ。すっかり陽も暮れた山の中、野宿を覚悟した二人の目の前に一軒の家が。中年夫婦に一晩、世話になった佐助と清海入道は、その夫婦から旅人や村人を襲う大蛇を退治してほしいと頼まれる。笑いとギャグが満載の佐助と清海入道の珍道中。

我こそはさるとび佐助と大嘘をつく、忍術学校のエンタツ先生。本物の佐助と清海入道を弟子にして、お城へと。佐助の忍術の凄さに驚いた家老たちは、江戸から知らせのあった真田の忍者ではないかと疑い、二人の様子を探ろうとする。一方、佐助から忍術を教わった城主は、一人前の忍者になったと錯覚し、天守閣から飛び降りてしまう…。

忠臣だと信じていた家来のジンタンに滅ぼされた明国の王女、ボタンと本当の忠臣、パイテンを救うため、明国にやって来た佐助と清海入道。虎狩りで殺されそうになった虎を救い、その虎を家来にした二人。ダッタンの城下町へとやってきた佐助は、そこで皇帝と忠臣パイテンが賞金をかけられ、賞金稼ぎに狙われていることを知る。佐助と清海入道は明国を救えるのか!?