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色々と探して終末のマリステラに行き着きましたが、そこまで世界観として近代的では無かったように思います
というよりもっと異世界感？

敵、デカかったですか？

少女は適合率が高ければその武器を扱え、使徒的な怪物と戦う　みたいな感じでした

敵はでかかったと思います
ですがごめんなさい、よく覚えていないのです....
見たらコレ！とわかるんですが...

あくまで主人公は男の子
昔、使徒と戦っていた？主人公は少女のサポート役として呼ばれたが、怪物と戦うシーンもあったかと思います
また、怪物と戦えるのは女の子だけ？
うろ覚えですが...

魔都精兵のスレイブではないですか？

最強魔法師の隠遁計画－ジ・オルターネイティブ－かな？

お二方、有難うございます
しかし、どちらも違いました
ジ・オルターネイティブは少し似ているのかな、と思いましたが、基本主人公よりも少女達が戦うのが多かったように思います
また、少女達が扱う武器も結構特殊で、その説明なんかにもかなりのリソースが割かれていたように思います
異世界感はあったのですが、オスプレイの様な飛行する乗り物も確か出ていました(それで主人公が少女達の救助に行った？シーンもあったかと)

『真実の魔法少女』ではありませんか？

ごめんなさい、全く違うものでした
魔法ではなく、物理？
少女が剣ないし斧槍を使って化物と戦っていました
学校も無く、最初からそういう化け物と戦う機関？に属している少女達の元に、主人公である少年が配属され、少女達の管理監督をする、みたいな流れだったと思います
世界観も、荒廃したような感じでした

世界観なるたるとか近いと思います
思い出したい方は生身+武器での戦闘でしたが

『銃皇無尽のファフニール』はどうでしょう？

とても近いです！本当に近い
もうこれでいいかなと思うくらい近いです！
これになるたるの世界観が加わればまんまそれです！

でも学園というものは無かったかな....純粋に使徒？怪物？化け物？vs人間側(少女達+主人公+そういう機関)
の構図だけだったと思います。周囲の大人+主人公は戦う少女達のサポートをしていました。
主人公だけは単騎で化け物屠れるくらい強いんですけど、代償が必要　みたいな感じでした。

主人公の強さってどういうタイプの強さですか？
単純にパワーなのか、技術的に優れてるのか、頭がキレるのか。

主人公の強さが見れたのは対怪物戦で、しかしそこまで深くは描かれていなかった様に思います
少女達が苦戦する怪物を、適合率100%の槍？(他の少女達は70%とかその程度だった気が)を用いて単騎でボコボコにしていました　確か
頭がキレるとかではなく、腕の立つ戦士　といった感じです

うおおおおこれです！！だいぶ記憶違い激しいけどこれです！！！まさか見つかるとは！本当にありがとう！！！